Le périmètre affermé de la SEEN s’étend sur 55 centres répartis selon le découpage administratif dans les 8 régions du pays communément appelées Exploitations. Ces chefs-lieux sont animés par les Chefs d’Exploitations (CE) qui, sous l’autorité du Directeur d’Exploitation, assurent la gestion des activités techniques, administratives et commerciales des centres qui leur sont rattachés.
La ville de Niamey représente 55 % de la capacité de production totale des 55 centres du périmètre affermé. L’alimentation en eau potable de la ville est assurée par deux usines de production d’eau potable qui traitent l’eau brute du fleuve Niger.